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Morazzone, sita a 6 km dal capoluogo provinciale, si estende per 5,60 km² su colline moreniche di origine glaciale, ed è compreso tra i 330 e i 432 metri sul livello del mare; l'escursione altimetrica complessiva risulta essere pari a 112 metri.
L'ambiente è prevalentemente boscoso ed è attraversato dal torrente Tenore che nasce presso la Cascina Caronaccio.
La flora è quella tipica lombarda, composta in prevalenza da pino silvestre, farnia, carpino, castagno, robinia, nocciolo, platano, frassino, quercia rossa, pioppo nero, olmo, acero e ontano nero.
La fauna è ricchissima: sono presenti numerosissime specie di mammiferi, uccelli, anfibi e invertebrati.
Parte del territorio di Morazzone è incluso, assieme ad alcuni comuni limitrofi, nel Parco Rile Tenore Olona, parco sovracomunale che sviluppa intorno a tre corsi d'acqua (Rile, Tenore & Olona). Morazzone fa inoltre parte del Bacino val d'Arno e Ticino.